Học cách sử dụng BLAST – một trong những công cụ so sánh trình tự sinh học mạnh mẽ nhất trong tin sinh học. Hướng dẫn chi tiết dễ hiểu.
Mục lục bài viết
Cách Sử Dụng BLAST và Ý Nghĩa Trong Tin Sinh Học?
Sử dụng BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) là một trong những bước quan trọng nhất trong phân tích trình tự sinh học hiện đại. Đây là công cụ mạnh mẽ giúp so sánh chuỗi DNA, RNA hoặc protein với cơ sở dữ liệu lớn để tìm ra vùng tương đồng, từ đó dự đoán chức năng, xác định loài, hoặc phân tích tiến hóa.
Khi Nào Cần Sử Dụng BLAST?
Bạn nên sử dụng BLAST trong các trường hợp sau:
- So sánh một đoạn gen mới với cơ sở dữ liệu để xác định chức năng.
- Tìm các trình tự tương đồng tiến hóa ở các loài khác nhau.
- Phát hiện virus, vi khuẩn hoặc mầm bệnh thông qua dữ liệu gen.
- Kiểm tra kết quả giải trình tự (sequencing) hoặc tìm đột biến gen.
Các Loại BLAST Cần Biết Khi Sử Dụng
| Loại | Dùng để |
|---|---|
| blastn | So sánh DNA với cơ sở dữ liệu DNA |
| blastp | So sánh protein với protein |
| blastx | Dịch DNA thành protein, so sánh với protein |
| tblastn | So sánh protein với DNA đã dịch |
| tblastx | So sánh hai chuỗi DNA đã dịch ra protein |
Hướng Dẫn Sử Dụng BLAST Trên NCBI
Bước 1: Truy cập trang web NCBI BLAST
👉 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Bước 2: Chọn loại BLAST
Chọn blastn, blastp… tùy theo loại chuỗi bạn có.
Bước 3: Nhập trình tự
Dán trình tự theo định dạng FASTA vào ô nhập hoặc tải lên file.
Bước 4: Cấu hình nâng cao (nếu cần)
- Chọn cơ sở dữ liệu: nt, refseq, nr, v.v.
- Điều chỉnh E-value, word size, gap penalties,…
Bước 5: Nhấn “BLAST” để chạy
Chờ vài giây đến vài phút để nhận kết quả.
Cách Đọc Kết Quả Khi Sử Dụng BLAST
- Graphic summary: Hình ảnh màu biểu diễn vùng khớp.
- Descriptions: Danh sách các chuỗi giống với điểm số, E-value.
- Alignments: So sánh chi tiết từng đoạn.
- E-value: Giá trị càng nhỏ càng có ý nghĩa thống kê cao. (Thông thường < 1e-5 là đáng tin)
Lưu Ý Khi Sử Dụng BLAST
- Đừng chỉ dựa vào E-value, cần xem cả % identity và độ dài alignment.
- BLAST rất nhanh, nhưng không cho kết quả chính xác tuyệt đối như lập trình động.
- Có thể dùng BLAST+ phiên bản dòng lệnh cho phân tích khối lượng lớn.
Kết Luận
Sử dụng BLAST là kỹ năng cơ bản nhưng cực kỳ quan trọng trong tin sinh học. Dù bạn là sinh viên, nhà nghiên cứu hay chuyên gia, việc thành thạo công cụ này sẽ giúp bạn so sánh trình tự nhanh, hiệu quả và đưa ra các phân tích sinh học chính xác.
