Tin sinh học | Bài 0.1: cơ sở dữ liệu NCBI

NCBI (National Center for Biotechnology Information) là một trung tâm dữ liệu sinh học cung cấp nhiều cơ sở dữ liệu và công cụ hỗ trợ nghiên cứu trong các lĩnh vực di truyền học, y học và tin sinh học. Với các công cụ như BLAST, GenBank và PubMed, NCBI giúp các nhà khoa học phân tích trình tự DNA, RNA, protein và tìm kiếm tài liệu khoa học một cách hiệu quả.

1. Giới Thiệu Về NCBI

Cơ sở dữ liệu NCBI (National Center for Biotechnology Information) là một trong những nguồn tài nguyên sinh học quan trọng nhất trên thế giới.

Được thành lập vào năm 1988, NCBI thuộc Thư viện Y học Quốc gia Hoa Kỳ (NLM) và cung cấp nhiều cơ sở dữ liệu sinh học miễn phí cho các nhà nghiên cứu trong lĩnh vực tin sinh học và y học.

2. Các Cơ Sở Dữ Liệu Quan Trọng Của NCBI

NCBI chứa nhiều cơ sở dữ liệu khác nhau, hỗ trợ nghiên cứu về sinh học, y học và di truyền học. Một số cơ sở dữ liệu phổ biến bao gồm:

GenBank

• Lưu trữ trình tự DNA, RNA từ nhiều loài.
• Cho phép tìm kiếm và tải xuống dữ liệu trình tự gen.
• Hỗ trợ các công cụ phân tích bioinformatics.

PubMed

• Cung cấp hàng triệu bài báo khoa học y sinh.
• Hỗ trợ tìm kiếm tài liệu nghiên cứu một cách dễ dàng.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

• Công cụ tin sinh học quan trọng để so sánh trình tự DNA, RNA và protein.
• Giúp các nhà nghiên cứu xác định sự tương đồng giữa các trình tự sinh học.

>>>> Xem cách sử dụng BLAST tại đây nè!

SRA (Sequence Read Archive)

• Kho lưu trữ dữ liệu giải trình tự thế hệ mới.
• Hỗ trợ nghiên cứu về bộ gen của nhiều loài.

Gene database trong nghiên cứu tin sinh học

• Lưu trữ thông tin về các gen, chức năng và biểu hiện của chúng.
• Hỗ trợ nghiên cứu về di truyền học và bệnh di truyền.

>>>> Xem thêm: Chuỗi khóa học thống kê cơ bản cho khoa học dữ liệu

3. Ứng Dụng Của NCBI Trong Bioinformatics và nghiên cứu khác

NCBI đóng vai trò quan trọng trong nhiều lĩnh vực khoa học như:

• Di truyền học: Giúp phân tích bộ gen của con người và động thực vật.
• Y học: Hỗ trợ nghiên cứu bệnh di truyền, ung thư và các bệnh truyền nhiễm.
• Tin sinh học (bioinformatics): Cung cấp dữ liệu cần thiết để phân tích protein, RNA và DNA.

4. Cách Truy Cập Và Sử Dụng NCBI để làm bioinformatics

Để sử dụng NCBI hiệu quả, bạn có thể:

1. Truy cập trang web chính thức tại https://www.ncbi.nlm.nih.gov.
2. Sử dụng công cụ tìm kiếm để tra cứu dữ liệu gen, bài báo khoa học.
3. Dùng BLAST để so sánh trình tự DNA hoặc protein.
4. Tải xuống dữ liệu từ GenBank hoặc SRA để phân tích.

>>>> Xem thêm: Những bài viết khoa học thú vị

5. Hướng dẫn đọc một sequence cụ thể để làm bioinformatics trong NCBI

Chúng ta sẽ cùng nhau tìm hiểu một dữ liệu cụ thể trong NCBI nhé, ở đây mình sẽ dùng dữ liệu gene CNGA3.

>>>> Xem thêm: nhìn chó biết mặt chủ, chuyện thật như đùa

Sau khi đã vào được thông tin về dữ liệu của mình rồi, các bạn có thể tham khảo file dưới đây để có thể nắm được thông tin về dữ liệu của mình nhé!

6. Video hướng dẫn