Dữ liệu protein | Tự học tin sinh học bài 0.3

Dữ liệu protein (protein data bank) là ngân hàng cung cấp thông tin đầy đủ nhất về cấu trúc của protein. Bạn có thể tải về và tham khảo cấu trúc 3D của một protein nào đó.

1. Dữ liệu protein (PDB) Là Gì?

Protein Data Bank (PDB) là cơ sở dữ liệu lưu trữ thông tin về cấu trúc ba chiều của các phân tử sinh học như protein, DNA, RNA. Đây là một nguồn tài nguyên quan trọng trong nghiên cứu sinh học phân tử, dược học và tin sinh học.

2. Lịch Sử Và Quản Lý Của PDB

PDB được thành lập vào năm 1971 và hiện được quản lý bởi Worldwide Protein Data Bank (wwPDB), bao gồm các tổ chức như:

• RCSB PDB (Mỹ)
• PDBe (Châu Âu)
• PDBj (Nhật Bản)
• BMRB (Lưu trữ dữ liệu phổ cộng hưởng từ NMR)

>>>> Tìm hiểu về cơ sở dữ liệu NCBI

3. Dữ Liệu protein data bank Gồm Những Gì?

PDB cung cấp:

• Cấu trúc 3D của protein, DNA, RNA
• Thông tin về liên kết hóa học, ligand và phức hợp protein-ligand
• Siêu dữ liệu về thí nghiệm xác định cấu trúc (X-ray, NMR, Cryo-EM)

4. Ứng Dụng Của PDB

• Nghiên cứu cấu trúc và chức năng protein
• Phát triển thuốc và thiết kế dược lý
• Sinh học tính toán và mô phỏng phân tử
• Hỗ trợ nghiên cứu về bệnh tật và cơ chế sinh học

>>>> Hot! Tìm hiểu về cơ sở dữ liệu ensembl, cơ sở dữ liệu của châu Âu

5. Cách Truy Cập Và Sử Dụng cơ sở dữ liệu protein

Truy cập: https://www.rcsb.org

Cách sử dụng:

• Tìm kiếm bằng mã PDB (ví dụ: 1CRN cho Crambin)
• Xem mô hình 3D protein với công cụ trực tuyến
• Tải dữ liệu để phân tích bằng phần mềm như PyMOL, Chimera

Bạn có thể tham khảo cách sử dụng cơ sở dữ liệu này từ video bên dưới nhé!

6. Kết Luận

Protein Data Bank là một nguồn tài nguyên không thể thiếu cho các nhà khoa học nghiên cứu về sinh học cấu trúc và dược học. Việc hiểu và sử dụng hiệu quả PDB giúp đẩy mạnh các nghiên cứu về protein và các phân tử sinh học khác.

>>>> Tham khảo những bài tin sinh học khác ở đây nè

>>>> Xem thêm sắp giống bằng ma trận điểm!

>>>> Xem toàn bộ video hướng dẫn tin sinh học ở đây nhé!

>>>> Xem thêm các bài viết hay khác về khoa học